De l’importance de laisser traîner son ADN

Le monde du vivant est encore un grand mystère entre les espèces qu’on ne connaît pas encore et celles qu’on connaît mais qu’on n’arrive jamais à observer. Et dans le genre mystérieux, les océans, ça se pose là. Genre tu savais qu’on n’avait découvert un des plus grands requins du monde (le troisième sur le podium après le requin baleine et le requin pèlerin) en 1976 ? Un an avant la sortie du premier Star Wars, je sais pas si tu rends compte là. Le requin grande gueule fait quand même en moyenne plus de 5 mètres de long et depuis sa découverte on en a observé MOINS DE 70 ! 

L'homme de demain sera une femme

Des ours hermaphrodites, des poissons et des batraciens féminisés, des mouettes mâles qui couvent, Conchita Wurst... 

Les hommes sont-ils en train de devenir des femmes ? 

Sur terre et dans la mer, le mâle se porte mal, et la virilité devient une valeur en berne. A l'agonie des derniers des macho-men, au mâle succèderait le mâle-être, ou chaînon rampant, au plus grand désespoir des femmes...

La couleur du bruit de la sélection: partie 2

Blanc? Bleu? Vert? Si la fluctuation de la sélection naturelle dans le temps et l'espace a une couleur, elle est bien rouge! 

Nous l'avons vu dans la première partie, ce "bruit" rouge nous indique que la force de la sélection naturelle subit par les espèces est d'autant plus importante que ses variations sont rares. 

Mais ... y aurait-il un lien entre l'ami Darwin et la thermodynamique bien connue des physiciens?

La couleur du bruit de la sélection: partie 1

Un bruit, c'est comme la lumière, ça peut avoir une couleur. Si l'on est pas physicien, la couleur du bruit est bien plus complexe à observer que celle de la lumière .... 

Mais au fond en quoi ça nous intéresse sur ce blog? Il y aurait-il un lien entre la couleur du bruit et l'ami Darwin?

Vous avez dit sélection naturelle?

La sélection naturelle … tout le monde en a déjà entendu parler au moins une fois non ? Si on l’associe souvent à la loi de la jungle, la sélection naturelle reste cependant une idée un peu plus subtile. Mais subtile jusqu’à ou …. ? Etes-vous bien sûr de tout comprendre de ce concept made in Darwin ?

De l'utilité de mourir de faim en protégeant un garde-manger

Ah, elle est pas mal celle-là! Et bien oui, c'est arrivé. Laissez-moi donc vous plonger dans l'ambiance festive de la Russie des années 1940...

Illustration: Tom Burns

 Les Nazis ont envahi la Russie et tiennent Leningrad en siège. Apparemment ils n'étaient pas pressés de partir, vu que le siège a duré... 872 jours. Comme quoi ca devait être vraiment chouette là-bas. Trêve de blaguerie... Pendant ce siège, 12 scientifiques, se sont constamment relayés pour monter la garde devant les sous-sols de l' Institut d'Agriculture de l'Union. Qu' y avait-il donc de spécial dans ce sous-sol?

Des probabilités et des boucs

Imaginez que vous voilà projeté dans le célèbre jeu télévisé américain des années 60, “Let’s make a deal” ! Monty Hall, présentateur vedette de l’émission, vous présente trois portes derrières lesquelles sont cachés de fabuleux prix. Fabuleux… ou presque, puisque derrière l’une de ces trois portes se trouve une voiture neuve mais que derrière les deux autres se trouve un bouc. Le jeu est simple: choisissez une porte, et gagnez ce qui se cache derrière ! 

Prédire l'évolution darwinienne?

Comprendre c'est bien, quantifier c'est mieux. Mais finalement, le but de la Science n'est-il pas in fine de prédire les phénomènes? Qu'en est-il pour la théorie de notre Charles Darwin? Est-il possible de prédire l'évolution future d'une espèce? La réponse est oui! Et nous allons voir que la biologie évolutive a elle aussi son E = mc².

Plaidoyer pour l'inutilité

Mais ça sert à quoi? Qui ne s'est jamais posé cette question en lisant une actualité scientifique? Qui ne s'est jamais demandé à quoi pourra bien servir la découverte du Boson de Higgs ou encore l'étude des comportements nuptiaux chez la mouette tridactyle? Si beaucoup répondent à cette question en y allant de l'utilité probable et future de la recherche fondamentale, il me semble que peu de scientifiques osent répondre tout simplement que ça ne sert à rien!

Origine du langage: nouvelle piste

Seuls 2% du génome d’Homo Sapiens diffèrent du génome d’autres primates tels que le Bonobo ou le Chimpanzé. 
Et pourtant, on est quand même très différents de ces primates : on est moins poilus, on ne marche pas de la même manière, nos crânes et cerveaux ont des tailles différentes, on n’a pas les mêmes capacités cognitives, on communique avec des mots...Ces différences peuvent certes être expliquées par les 2% du génome qui nous différencient, mais pas seulement!

Le dernier ancêtre commun de l'humanité: L'ascendance de l'humanité et les arbres, Partie 2.

Dans l'article précédent, nous avons vu que l'Ève mitochondriale et l'Adam Y vivaient il y a entre 100 000 et 300 000 ans, et n'avaient rien à voir avec leurs contreparties bibliques: ce sont les derniers ancêtres communs à toute l'humanité par une chaine ininterrompue de mères, ou de pères, respectivement. 

Nous allons maintenant tenter de dater le vrai dernier ancêtre commun à tous les humains vivants actuellement, sans nous préoccuper du sexe de nos ancêtres. La réponse est très surprenante et remet en cause nos intuitions portant sur notre généalogies et notre parenté avec le reste de l'humanité. Préparez-vous à tuer le raciste qui sommeille en vous, c'est parti!

Les hommes hybrides - conférence

En Avril, j'ai donné une conférence à l'ENS de Lyon : "Les hommes hybrides - des chimphumains à Denisova".
On y parle d'expériences russes rigolotes mais pas très éthiques, de notre ancêtres qui batifolent avec d'autres espèces d'hominines, et des conséquences que ça a eu sur notre génome.

Chapitre 2 _Médecine Darwinienne : Comment notre assiette dirige notre évolution

L'Homme est un animal comme un autre (ouh pinaise... grande nouvelle!). Il évolue plus ou moins tranquillement depuis quelques millions d'années, traverse des environnements pas toujours super sympas et qui exercent des pressions sur lui. Le chaud, le froid, l'altitude, tout ça tout ça... Et puis comme tous les animaux il mange de temps en temps. Et ce qu'il met dans son assiette peut parfois représenter l'une de ces pressions... C'est ce que nous allons voir aujourd'hui.

Adam et Ève: Les arbres et l'ascendance de l'humanité, Partie 1.

Un thème fréquent dans les mythes originels de l'humanité est celui d'un couple primordial, parents de tous les humains vivant aujourd'hui. Ainsi on a Adam et Ève dans les trois grands monothéismes du livre, Wurugag and Waramurungundi chez les Aborigènes, Fu Xi et Nüwa en Chine, Deucalion et Pyrrha en Grèce, les enfants de Pacha Kamaq au Pérou, Kumu-Honua et Lalo-Honua en Polynésie, Ask et Embla en Scandinavie... (1)

Au cours des deux derniers siècles, la biologie a révélé les origines communes que l'humanité partage avec le reste du vivant, et l'idée d'un couple primordial crée ex-nihilo semble désormais assez exotique.

Néanmoins, ces mythes trouvent un certain écho dans des études scientifiques récentes qui tentent d'identifier et de dater "l’Ève mitochondriale".

Qui était cette Ève mitochondriale? Quel âge a-t-elle? Quand vécurent les plus récents ancêtres communs à toute l'humanité?

Les réponses à toutes ces questions murissent dans des arbres, laissez-vous tenter : venez donc cueillir quelques fruits!

Du Hip-Hop et de la Science!

(DIGITAURA/FLICKR/CC)

Quand on pense au Hip-Hop, on s'imagine être entouré de grosses cylindrées et d'une demi-douzaine de strip-teaseuses, mais surement pas de livres de Science. Et pourtant ... Bien au delà des 50 cents et autres Snoop Dogg (lion ...),  il existe un rappeur qui s'est dit que ça serait une bonne chose que d'utiliser le Hip-Hop pour propager la culture scientifique!

Léo et son coup de la girafe: A réécouter sur France Inter

Et Vlan.

Le Léo quand il décide de gérer. il y va pas avec le dos de la louche.

C'est par ici: La tête au carré, des savants dans la savane


Oui Môssieur, sur France Inter!

Le coup de la girafe

Ecoutez le podcast de l'émission d'aujourd'hui sur RFI: Autour de la Question, avec Léo, qui sort son premier bouquin avec charme et volupté.

http://www.rfi.fr/emission/20150409-pourquoi-zebres-ont-rayures/

Quand la biologie devient sale ...

Éloignez les enfants, aujourd'hui on va aller se perdre dans les coins sombres de la recherche en écologie, plus précisément de l'écologie comportementale. Oui, parce que l'écologie comportementale c'est la science des pandas, des gazelles et des jaguars ... mais pas que. Non, vraiment pas que. Aujourd'hui ça va être sale, très sale.

Laborit et ses rats

Si un organisme subit une agression, il a seulement que 3 options qui s'offrent à lui: Soit se révolter, soit ne rien faire (et donc subir l'agression), soit fuir. Pour Henri Laborit (1914-1995), le seul choix raisonnable c'est la fuite!

C'est dans son célèbre essai l'Éloge de la fuite que Laborit nous expose ce que l'on pourrait appeler sa théorie unifiée de l'Homme dans son ensemble.  Loin de moi l'idée de résumer la pensée de Laborit, je vais plutôt parler ici d'une petite expérience qui introduit son livre et qui implique des rats et des chocs électriques!

Les érables à l'assaut des montagnes au Québec ?

Sylvebarbe

Les chercheurs en écologie n’ont encore jamais croisé de ents, ces arbres humanoïdes arpentant la forêt, tout droit sortis de l’imagination de Tolkien. Pourtant, il est maintenant bien connu que les arbres se déplacent... une « marche » vers les pôles et les plus hautes altitudes en réponse au réchauffement climatique.

Le Sens de la Science (Partie II: notre époque)

Souvenez-vous, nous avons tenté dans un article précédent de comprendre le divorce entre valeurs et faits que la Science moderne a produit. 

On ne peut compter sur la science pour répondre à nos angoisses existentielles ... mais qu'en est-il de notre époque moderne? Comment notre monde dans lequel la Science est reine peut-il s'accommoder de sa froideur sur le plan des valeurs?

Chapitre 1_Médecine et Evolution: Je t'aime, moi non plus.

Maintenant que le plan est posé et que je me suis dédouané de certaines incommodités (ici), allons-y gaiement. Médecine évolutive... Médecine et évolution... Deux mondes gigantesques, deux titans de théories et de savoir faire. Et qui pourtant ne se sont jamais véritablement rencontrés. Pourquoi  ?

 

Doctor Charles D.

Nous allons ici poser les bases pour la suite de cette mini-série que j'entame et faire un peu d'histoire,  nous rendre compte que médecine et évolution ont eu quelques occasions de se rencontrer dans le passé, mais aussi que les barrières culturelles sont profondes et les objectifs bien différents.

Médecine Darwinienne : que peuvent apporter les sciences de l'évolution à la médecine ?

J'assiste depuis deux jours à une série de conférences dont le thème transversal est la médecine Darwinienne. Plein de chercheurs, plein de thésards, plein de questions qui fusent dans ces petits cerveaux tout heureux de dire ensemble : 

"la médecine et ben... elle oublie plein de trucs! Et nous, ben on a peut-être des solutions à proposer ! Parce qu'après tout on est docteur aussi (ou presque), qu'on est pas con et que la vie... c'est l'évolution !"

source : http://evmedreview.com/?p=984

Je vais donc vous proposer dans le mois à venir 5 chapitres dans ce blog qui vont recouper les conférences auxquelles j'ai pu assister pendant cette semaine. Mais je vais tout d'abord poser dans ce qui suit quelques remarques qu'il ne faudra (s.v.p.) surtout pas oublier quand je partirai dans mes envolées lyriques...

Inspiré par ses courbes

Je vous dois un aveu.

Voilà bientôt dix ans que je vis une histoire d'amour, cachée, honteuse, contrariée. Nous ne venons pas du même milieu, chez elle je suis niais, chez moi elle est snob.

Elle, c'est une fonction mathématique. Elle m'a fait entrevoir pour la première fois plusieurs idées très simples, mais inspirantes à la hauteur de mon esprit lambda. Lisez la suite pour faire sa connaissance et découvrir comment un exercice de pensée mathématique peut servir en biologie. 

Le sens de la Science (PARTIE I: La mort de l'animisme et l'avènement de la Science moderne)

©Thinkstock

"L'ancienne alliance est rompue ; l'homme sait enfin qu'il est seul dans l'immensité indifférente de l'Univers d'où il a émergé par hasard. Non plus que son destin, son devoir n'est écrit nulle part. À lui de choisir entre le Royaume et les ténèbres"

C'est par ces mots énigmatiques que Jacques Monod termine son œuvre majeure Le Hasard et la Nécessité. 

Qu'a voulu nous dire ici le prix Nobel 1965 de biologie? Quelle est cette "ancienne alliance" dont parle Monod? Et surtout, pourquoi et quand l'Homme s'en serait détaché?

Petite Histoire de la Biologie: Partie 3

Alors voilà, vous voici dans la 3ème et dernière partie de notre "petite histoire de la biologie". Si vous avez loupé les 2 premières étapes, je vous encourage à aller lire la biologie d'Aristote à Lamarck et l'évolution au temps de Darwin et du Beagle! 

Nous voici donc entrés au XXe siècle, Le barbu le plus célèbre de la biologie nous a quitté 20 ans plus tôt (1882), laissant une flopée de fils spirituels! Parlons-en de ces fils spirituels, qui sont-ils? Ont-ils coupé le cordon ombilical Darwinien ou au contraire marché dans ses pas? Bref, c'est quoi l'évolution au XXe siècle?

Méta-évolution : L'évolution peut-elle créer de l'intelligent design ?

Sur ce blog, on n'hésite pas à faire dans le titre racoleur. Ah vous aviez déjà remarqué. Bon bon bon. La question est pourtant valable : l'évolution peut-elle spontanément créer un organisme capable de quitter l'évolution "à la Darwin" ? Autrement dit, pourrait-il exister un organisme capable de diriger/plannifier sa propre évolution, ou encore, capable de diriger celle d'autres organismes, sans passer par les forces évolutives telles que la sélection naturelle ?

Résumons le cahier des charges. Il s'agirait d'un organisme capable de :
1- prendre conscience de ses caractéristiques, de son phénotype ("tiens, je suis bleu").
2- imaginer ce que serait le meilleur phénotype dans un environnement donné, avec pas trop d'erreur ("mais en vrai, ce serait mieux que je sois jaune pour me cacher dans la savane")
3- modifier son phénotype tout seul comme un grand, et faire en sorte que cette modification se transmette à ses petits.

Bien sûr il faut que ces trois capacités apparaissent spontanément au cours de l'évolution, et soient maintenues par la suite. Hors de question d'invoquer l'intervention d'un barbu flottant dans le cosmos, c'est triché ;-)

Pas de Spaghetti Volant ni de Jésus-Raptor non plus. Désolé.

"C'est scientifique", Round 3: Critique de l'inductivisme

Alors voilà... tout commence par une histoire de dinde logicienne inductiviste (voir billet précédent). Sitôt arrivée à la ferme, cette dinde remarque et note qu'elle est nourrie tous les jours à 9h. Cependant, elle ne peut encore rien conclure et donc élaborer aucune loi. En bonne inductiviste, cette dinde va donc faire varier les conditions "d'expérimentation": Quand il pleut, quand il fait beau, le lundi, le dimanche, etc ... Dans toutes les situations notre dinde est bien nourrie à 9h tous les jours. Fruit d'un travail de prise de notes acharné, notre dinde inductiviste peut alors maintenant conclure qu'elle sera nourrie tous les jours à 9h. 

Hélas, le destin est parfois cruel, notre dinde inductiviste est décapitée la veille de Thanksgiving.

Just do it ?

Bonjour à tous,

Après une douce rencontre avec le monde de la recherche il y a environ 5 ans et >700 Litres de café Une question à laquelle je n'ai toujours pas trouvé de réponse me taraude... Est-ce que le fait d'en être capable (technologiquement, scientifiquement etc...) justifie le fait que nous le fassions ?

Pourquoi pas ?

La responsabilité de la protection de la Biodiversité nous incombe -t- elle ?

Cet image traduit bien la perception de nos gouvernants (photo sur site de l’éducation nationale)

Allez, je m’y colle… On vient de voir passer pas mal d’articles sur la biodiversité, du maintenant célèbre « Flinguer la biodiversité … » de Léo au (bio)-topic sur la dé-extinction de Joane. Je suis très probablement (parmi les immenses contributeurs de ce blog) le moins bien placé pour en parler, et pourtant je m’y colle… Je vais parler de biodiversité…

Je coupe court, pas de suspense : Pas de panda ou autre ursidés, Pas d’abeille, de koala, de schtroumpfs, ou autres ewoks…

Soyons cru : « La biodiversité, bien ou pas bien pour l’homme ? (oui... et la femme aussi)»

En cette période post-bac je fais une annonce de plan banal à souhait :

I)                    Bien

II)                  Pas Bien

III)                Vous avez vu que j’ai écrit un article sur ce blog : « Œstrus ou pas Œstrus… » ?

Après cet intermède publicitaire subliminal je m’y remets :

La dé-extinction, mais pour quoi faire?

Après le Comment, voici… le Pourquoi du Comment!


*Warning* Le contenu de ce billet est légèrement teinté d’opinions personnelles.

Faire réapparaître les mammouths laineux et les pigeons migrateurs, c’est bien joli, mais c’est comme aller sur la lune. On s'envoie dans l'espace, on y plante un drapeau (américain bien sûr), on dit wouahou devant la télé, des milliards ont été dépensés pendant que d’autres (beaucoup d’autres) crèvent la dalle, puis on va chez mamie comme tous les dimanches manger le bœuf bourguignon et parler des derniers frittages politiques au PS et du dopage au tour de France. Alors, pourquoi ramènerait-on un pachyderme encombrant dans les steppes de Russie et d’Amérique du Nord au lieu de le laisser figé dans son glaçon, pourquoi ne peindrait-on pas des chiens en zèbres au lieu de s’embêter à re-créer un loup de Tasmanie, pourquoi n’irait-on pas nourrir les pigeons des jardins du Luxembourg plutôt que d’aller repeupler l’Amérique de  trucs similaires mais disparus¹ ? 

Telle est la question à laquelle on va essayer de répondre aujourd'hui ! En tant que généticienne qui m’englue déjà à l’étape de l’extraction d’ADN d’un satané sapin bien en forme et facile à chopper, je peux vous dire que techniquement et économiquement, ramener à la vie une espèce éteinte ce n’est vraiment pas du gâteau. Ca mérite donc justification. 

(Si vous ne me croyez pas c’est que vous n’avez pas lu mon précédent post, auquel je vous envoie illico pronto.)

La ménopause.. un paradoxe de l'espèce humaine

Je me souviens de cette petite conversation que j'ai eu avec un stagiaire sur les routes sinueuses des Cévennes, en période (intense) de terrain...

"- On va la louper notre éclaircie là... Les lézards vont être rentrés dans leurs trous tu vas voir! C'est quoi ? la 8° en 10 bornes ?

- En même temps si ces br****** roulaient un peu plus vite dans leurs caravanes de m***** !

- Oui... J'me demande bien à quoi ils servent tous ces vieux là !

- Comment ça à quoi ils servent ?

-Ben, ouai, pourquoi ils existent quoi! sont vieux, ils servent plus à rien !"

Pas si bête cette remarque si on y réfléchis bien...

Dargaud