Crache dans mon tube, je te dirai d’où tu viens (et comment tu mourras)

23andme, tu connais ? Non ? 

Bon. Remontons un peu le temps. The Human Genome Project ? Oui ça tu connais. Terminé en 2003, ce projet américain (mais auquel beaucoup de pays ont participé) avait pour ambition de séquencer le génome humain. Le but ultime, comprendre le génome humain. Les objectifs étaient de déterminer l’entière séquence A-T-C-G de tous les bouts (chromosomes) de molécule d’ADN contenus dans une cellule humaine, et d’en identifier tous les gènes (20000-25000 au total). Mission accomplie (mis à part quelques zones d’ombre d’ADN non codant).

On est cependant loin du but ultime. En effet, beaucoup reste à découvrir et à comprendre sur les interactions entre gènes ou encore sur le lien entre le génotype (gènes) et et phénotype (traits observables). Et pour cela, il faut avoir de la variation. En effet, pour connaître l’origine (et la part) génétique impliquée dans une maladie, il faut des malades et des non-malades. La variation, voilà ce qu’il faut creuser maintenant.

La méthode est simple comme bonsoir. On fait deux groupes : les malades, et les non-malades. On regarde qu’est ce qui est systématiquement différent entre les  deux groupe au niveau génétique. Un gène qui est présent chez tous les membres d’un groupe et absent chez tous les membre de l’autre groupe est un des suspect number one, car c’est un cas ou le génotype (allèle A ou allèle B au locus x) et le phénotype (malade/pas malade) sont très corrélés. Cette méthode d’identification de gènes et de leurs fonctions s’appelle étude d’association (« association study » in English). Ainsi on peut pointer les endroits variables du génome qui sont potentiellement à l’origine du phénotype malade/non malade. Et dans ce genre de méthodes, plus on a d’individus, mieux c’est. Il faut donc plein d’humains donneurs d’ADN.

Science… besoin de données… plein d’humains… Mais oui, toi le lecteur assidu qui te souviens de chaque mot et chaque faute d’orthographe de ce blog, ça te rappelle un truc :  un des premiers posts de ce blog, écrit par le ô combien brillant Léo, sur la science participative ! Et voilà un cas exemplaire ou chacun peut contribuer à partager des données analysables par les scientifiques. Et c’est précisément ce que se sont dit Linda Avey (businesswoman dans l’industrie génétique) et  Anne Wojcick (généticienne), fondatrices de 23andme, entreprise née en 2007.

Oui j'ai choisi la photo la plus scandaleuse qui soit. (Merci cae2k).

Voilà en gros ce qui s’est passé :

« Salut Anne, ça serait cool de pouvoir construire une gigantesque base de donnée compilant les informations génomiques de volontaires pour pouvoir faire de la science de bourrin,  et les volontaires pourraient du coup avoir accès à leurs propres données génétiques.

-Oui Linda, j’y pensais justement, surtout que la pharmaceutique commence à s’intéresser à des traitements adaptés aux gènes des clients. Et nous les chercheurs on pourrait enfin savoir quel gène est responsable de la capacité à sentir l’odeur étrange de notre urine après avoir mangé des asperges, ou de la propension à éternuer au soleil (question cruciale que se posait déjà Aristote dans la section « Problèmes du nez » de son Livre Des Problèmes).

-Hmm il y a un business à développer là-dedans. Il nous manque juste quelques millions, et  des ordis superpuissants…

-Ah ouais fastoche… SERGEEEEEY ? RAMENE-TOI !  Linda je te présente mon petit copain, co-fondateur de Google. »

Bon voilà, comme quoi des fois c’est facile de commencer un business.

Tadaaaaaaaam

23andme, comment ça marche ?

Tu craches 100 dollars (hé te plains pas, il y a 4 ans c’était 1000). Tu craches dans un tube. Tu Fedex tout ça à Silicon Valley. Tu réponds à un questionnaire en ligne très détaillé. Et quelques jours plus tard, tu connais toutes les ethnies de tes ancêtres, ton pourcentage de Néanderthal, la justification de ton aversion pour la coriandre fraîche, les maladies que tu es plus enclin à chopper que la moyenne des gens, le genre de saloperies que la vie te réserve pour ta mort… 

Finalement, 100 dollars, ce n’est pas tant… en fait ton test coûte plus cher que ça, mais il ne faut pas oublier que tes informations personnelles seront utilisées et ajoutées à la grosse base de données donc c’est donnant-donnant. Enfin, c’est (donnant)-(donnant+100$), et Google crache le reste. Eh oui, Google détenais tes coordonnées, tes cybercommunications, ton adresse, tes photos, tes informations bancaires, ben maintenant Google peut aussi avoir tes gènes. 

23andme a aussi des petits côtés Facebook : tu peux retrouver tes proches, si eux aussi ont fait le test (Oooh te voilà ma grande arrière-petite-cousine-du 4^ème degré, comme tu m’as manqué !). Tu peux aussi trouver tous les gens qui ont les mêmes potentielles futures maladies que toi, et créer des forums pour en discuter. Taré.

Quels marqueurs génétiques ?

23andme ne détermine pas toute la séquence de ton ADN. Ca prend bien trop d’espace, et on n’a pas besoin des régions d’ADN qui sont identiques chez tout le monde , ou de toutes les séquences répétées (des séries de ATATATAT par exemple). L’analyse se concentre sur  des SNPs (à prononcer « snip »), pour Single Nucleotide Polymorphism. En gros c’est la plus petite unité possible de variation génétique. Tu es AAATTCGCGT, je suis AACTTCGCGT, il y a un SNP en 3^ème position. Les SNPs sont super pratiques car c’est un type de mutation facile à détecter, très fréquent et qui laisse peu de mystères. Et on peut en analyser plein, mais alors plein d’un coup. 23andme sous-traite : elle envoie l’ADN à Illumina, la plus grosse entreprise de séquençage sur le marché, qui va identifier plus de 550 000 SNPs. Et c’est en comparant tes SNPs à ceux de tous les autres clients (plus d’autres bases de données plus anciennes) que 23andme te sors toutes les informations listées ci-dessus (et bien d'autres).

Les machines d'Illumina ( photo piquée à wired)

De leur côté les chercheurs rentrent tes données génétiques et celles du formulaire rempli en ligne, et la puissance statistique des études d’association augmente encore un peu. Si tu as des traits rares, il y a même moyen de te faire faire le test gratos, tellement les chercheurs veulent tes données génétiques. Et oui rappelle-toi, plus ils accumulent de variations entre individus, plus ils sont capables de dévoiler des liens entre gènes, et entre génotype et phénotype. 

...Et maintenant on en est où?

Après avoir découvert l’origine génétique de l’odeur de l'urine post-asperges et de l’éternuement au soleil (Eriksson et al. 2010), les chercheurs ont pu s’attaquer à des problèmes plus mineurs, genre la maladie de Parkinson (Do et al. 2011).

Ca marche plutôt bien pour Anne et Linda. Depuis sa création, et surtout depuis la baisse du prix du service à 100$, 23andme gagne en puissance (financière et statistique). Leur objectif : atteindre le million d’individus, pour rendre réalisables encore plus de tests d’association, notamment sur des traits ou maladies moins fréquents.

…Alors, tenté de participer?

Sources et Références

- https://www.23andme.com

- http://davehakes.com

- Do CB, Tung JY, Dorfman E, Kiefer AK, Drabant EM, et al. (2011) Web-Based Genome-Wide Association Study Identifies Two Novel Loci and a Substantial Genetic Component for Parkinson’s Disease. PLoS Genet 7(6)

- Eriksson N, Macpherson JM, Tung JY, Hon LS, Naughton B, et al. (2010) Web-Based, Participant-Driven Studies Yield Novel Genetic Associations for Common Traits. PLoS Genet 6(6)